从进项抵扣的区别：除收购发票以及免税农产品发票以及高速公路通行费发票（此条税务系统正在和交通部门协商中）以外，企业取得增值税普通发票是不可以当作进项税金抵扣的。这里头有一个特例，防伪税控设备服务单位开具的服务费是增值税普通发票，可以通过减免税明细表体现到增值税申报表主表的应纳税额减征栏目，实现全额抵减应纳税额，这一条实际是享受税收优惠，而非一般意义的抵扣进项。
税务局工作人员为公司财务人员讲解2018年税务新政策
开票方的区别：增值税小规模纳税人只能自开增值税普通发票，需要使用增值税专用发票时必须去属地国税机关代开。这里面又有三个行业增值税小规模纳税人属于特例，分别是住宿业，鉴证咨询业，建筑业三个行业，作为试点，也可以自开增值税专用发票。这种自开与一般纳税人的自开并不相同，税率以及申报表的填列都和代开一样。至于增值税一般纳税人，可以开具增值税专用发票，也可以开具增值税普通发票。至于怎么适用，就正好是两种发票的下一个区别。
适用环境不同：大致有16-17种环境是不允许开具增值税专用发票的，也可以理解为这些业务的发生只能开具增值税普通发票。大体上有以下几类：向消费者个人销售货物或提供服务的；销售方享受减免税优惠的；出口退（免）税的；不征税收入（比如融资租赁售后回租的）；营改增过来的一些特殊应税服务；涉及差额扣除的比如旅社扣除费用以及劳务派遣的工资福利社保部分。除此以外都可以开具增值税专用发票。
另外西安辰宇财务补充一个很容易被大家忽略的要点，即便认定了增值税一般纳税人，财务制度不健全，财务核算不清楚的，严格意义上也不允许开具增值税专用发票。这一条实际操作体现在国税对个体户的管理上，以之为前置条件，个体户要升级一般纳税人必须从定期定额户改为建账户。
